真菌性角膜潰瘍治療以抗真菌藥物為主，常用那他霉素、0.25%二性霉素B(該藥球結膜下注射易致結膜壞死，臨床上要特別注意)、金褐霉素眼膏、制霉菌素眼膏及10%大扶康、1%咪康唑、1 % 克霉唑等，每日3～4次點眼，并全身應用抗真菌藥。皮質類固醇無論全身或局部單獨使用均屬禁忌。

邯鄲愛爾眼科醫院角膜病專家介紹，由于本病多引起虹膜炎，須經常注意散大瞳孔。

穿透性角膜移植術是近年比較肯定的手術治療方法，其適應癥主要是藥物治療無效，或角膜潰瘍穿孔，發生眼內容物脫出或繼發青光眼等嚴重并發癥，是為挽救眼球而采取的一種搶救性手術。

由于真菌菌絲可垂直生長，加上真菌毒素、蛋白分解酶及可溶真菌的抗原作用，真菌菌絲可向深部生長，甚至侵入眼內，手術難以清除干凈眼內的真菌，故術后常出現復發。因此對無手術適應癥者，強調先行抗真菌藥物治療。